潔凈醫學實驗室的空調系統設計應該從室內冷熱負荷的計算開始，了解各類潔凈醫學實驗室都要布置何種工藝設備，了解實驗各個工藝環節和工藝技術要求。
無菌實驗室常用的實驗儀器有：恒溫培養箱、二氧化碳培養箱、普通冰箱（冰柜）、低溫冰箱（冰柜）、超低溫冰箱（冰柜）、搖床、離心機、超凈工作臺、層流罩等。PCR實驗室（基因擴增實驗室）常用的實驗儀器有：普通冰箱（冰柜）、低溫冰箱（冰柜）、超低溫冰箱（冰柜）、離心機、電泳槽、PCR儀、超凈工作臺、通風櫥、生物安全柜、等。
PET中心（正電子發射計算機斷層顯像中心）常用的實驗儀器有：熱室分裝箱。生物安全實驗室常用的實驗儀器有：恒溫培養箱、二氧化碳培養箱、普通冰箱（冰柜）、低溫冰箱（冰柜）、超低溫冰箱（冰柜）、搖床、離心機、洗板機、酶標儀、電泳槽、程序降溫系統、超凈工作臺、生物安全柜、層流罩、可移動式消毒鍋、單扉消毒鍋、雙扉消毒鍋等。
生物安全實驗室設計要充分了解生物因子的危險等級，根據不同的危險等級選擇不同的防護裝備、設計相應的防護設施、選擇適宜的建筑、結構、空調、上下水、配電及自動控制設施。
潔凈醫學實驗室要設計好三類流線：人員流線、潔物流線、污物流線。盡可能做到人員流線和貨物流線分開，尤其是潔物入口、污物出口和人員進出口需要分開設置。在建筑面積有限的場所物流出入口可采用傳遞窗代替。三級和四級生物安全實驗室的人流路線的應符合空氣潔凈技術關于污染控制和物理隔離的原則。
無菌室、PCR實驗室和PET中心所采用的傳遞窗可以設普通的傳遞窗，傳遞窗內設置紫外消毒燈。生物安全實驗室所采用的傳遞窗需要根據不同的實驗室等級和傳遞窗的安裝部位確定，實驗區對外的傳遞窗密封性要好，并且可以自帶潔凈、消毒功能，實驗區內部的傳遞窗可以采用普通傳遞窗
